Ljekarna Male braće jedna je od najstarijih u Europi, ali vjerojatno i najstarija po neprekidnosti djelovanja jer je još uvijek aktivna. Kao godina njenog osnutka uzima se godina osnutka samog samostana, 1317. Povijesni podaci o njoj, od nastanka pa do potresa iz 1667. uglavnom su izgorjeli s arhivom i knjižnicom. U početku je ljekarna bila samostanska za potrebe bolesne braće, a služila je i kao izvor za uzdržavanje braće i samostana.
Ljekarna se prvotno nalazila u prizemlju samostana, između sakristije i dvorane kapitula, kako bi bila dostupnija građanima. Tamo je ostala do 1681., kada je premještena u gornji klaustar, u neposrednu blizinu samostanske bolnice. Papa Benedikt XIV. zabranio je 1741. javni karakter samostanskih ljekarni. No, tradicija i starost ljekarništva u Male braće bili su takvi da je papa Pio VI. dozvolio, 1794., njezino daljnje djelovanje. Kada je Dubrovnik, padom Republike, ušao u sastav Austrougarske monarhije, po važećim austrijskim zakonima ljekarnu je smio voditi samo diplomirani ljekarnik. Dok novi ljekarnik nije završio taj studij, car Franjo Josip I. je na molbu uprave samostana, dopustio daljnji rad ljekarne. Prvi diplomirani ljekarnik bio je fra Ivan Evanđelista Kuzmić (1835. - 1880.).
Početkom 20. stoljeća, ljekarna je ponovo vraćena u prizemne prostorije, ali ovoga puta do samog ulaza u samostan, na mjesto na kojemu se i danas nalazi i djeluje. Njene prostorije je uredio i opremio novim namještajem, o vlastitom trošku, ljubitelj dubrovačkih starina i dobročinitelj Ignacije (Inje) Amerling, o čemu svjedoči spomen-ploča u klaustru. U tom prostoru ljekarna još uvijek radi. Neki medikamenti izrađuju se još uvijek po starim fratarskim receptima, pa je ona zahvaljujući tome vrlo poznata u svijetu.

Samostan posjeduje vrlo bogat fond knjiga iz farmakologije, medicine, te oko 2 000 recepata, od čega je manji dio izložen u muzeju, uz dio namještaja i ljekarničkog pribora od 15. stoljeća nadalje. Tu su apotekarski priručnici s receptima, s opisom pripravljanja lijekova, uputama za upotrebljavanje, računi i nuzgredne bilješke, priručnici, u koje je svaki ljekarnik unosio vlastita iskustva i pronalaske.

Mnogi recepti preuzeti su iz različnih farmakopeja.Neki su dobiveni od putnika i dubrovačkih kapetana, što su se liječili u inozemstvu (»da certo capitanio napolitano«, od kap. Boža Božovića i t. d.), od pojedinih privatnika, od dubrovačkih liječnika Bogašinovića, Carusa, Hidže i. t.d.

U receptima glavnu ulogu igraju droge dobavljene dobrim dijelom iz Mletaka. U materia medica, osim droga, što se i danas upotrebljavaju, dolaze i opsoletni ingredijenti, rogovi jelena, gambari; žabe, korali, srce lastavice, srce psa, izmeti životinja i t. d.

Među obične forme ljekovitih pripravaka spadaju balsami, emplastri, decocta, eliksiri (npr. eliksir dugog života), ulja, praškovi, pilule, teriaca, unguenta, secreta (tajna sredstva).

 

 

Stara je ljekarna zbog interesa posjetitelja vraćena na svoje prvotno mjesto, u donji klaustar, u prostor u kojem se nalazila od 1317., a u kojem je sada sačinjava dio samostanskog muzeja.

 

Fra Ivan Evanđelist Kuzmić (1807-1880.) Prvi je ljekarnik franjevačke ljekarne Male braće koji je završio propisane farmaceutske studije. Završio je studij farmacije u Padovi i sav je svoj život posvetio stručnom radu u ljekarni, istraživanjima proučavanju i nadopunjavanju vrijednih rukopisa u samostanskoj knjižnici. Bavio se skupljanjem narodnih naziva biljaka. Istakao se i kao prirodoslovac, povjesničar i glazbenik.