Franjevački samostan Male braće podjednako je poznat po klaustru (unutarnjem dvorištu) kao i po staroj ljekarni. Izgradnju klaustra zasigurno je vodio franjevac Vid iz Kotora. Fra Vid je bio poznati graditelj, a između ostalih njegovih ostvarenja ističe se pravoslavni manastir sv. Spasa u Visokim Dečanima kod Peći na Kosovu, koji je građen u razdoblju od 1327. do 1335. Jedan od klesara koji je s fra Vidom radio na dubrovačkom franjevačkom klaustru bio je Miho Brajkov iz Bara, o čemu svjedoči njegov grobni natpis na jugoistočnom ugaonom stupu klaustra iz prve polovice 14. stoljeća.

Donja šetnica klaustra podijeljena je u četiri dijela, a iznad nje je terasa koju nose križni svodovi. Svodovi se s jedne strane oslanjaju na konzole u okolnim zidovima, a sa strane prema otvorenom dvorištu upiru se o noseće zidane pilone, kao i o vitke klesane stupove. Pilona je ukupno dvanaest, a dvostrukih vitkih stupova je šezdeset (ukupno 120). Dvostruki kameni stupovi nose kapitele, koji ovom zdanju daju posebnu draž, jer je gotovo svaki od njih napravljen barem u nekim detaljima drukčije i vrijedi kao originalno djelo. Na njima su u reljefima predočeni ljudi, životinje, ptice, mitološki likovi, a više njih ukrašeno je raznim biljnim ornamentima. Plohe između nosećih stupova i lukova rastvorene su okruglim otvorima (rozetama), na svakoj strani po tri.

Središnji dio otvorenog dvorišnog dijela podijeljen je na dvije površine zasađene zelenilom, između kojih je šetnica. Na južnoj strani u sredini te šetnice nalazi se fontana napravljena u drugoj četvrtini 15. stoljeća, koja je tada opskrbljivana vodom iz dubrovačkog vodovoda izgrađenog po nacrtima inženjera Giordano Onofrio della Cava. Fontanu je izradio Petar Martinov iz Milana (Pietro di Martino da Milano).

Po raznolikosti ukrasnih motiva, klaustar Male braće je, po nekima, najzanimljiviji srednjovjekovni spomenik, kao i najznačajnije djelo u prijelaznom romaničko-gotičkom stilu sačuvano u Dubrovniku. Stručnjaci ga, u tom smislu, ubrajaju među spomenike kao što su Radovanov portal na trogirskoj katedrali, ciborij kotorske katedrale i skulpture na zvoniku splitske stolne crkve. Neki od kriterija po kojima je Dubrovnik dospio na UNESCO-ov popis svjetske kulturne baštine, mogu se opipljivo čitati u ovom zdanju, a to su: remek djelo ljudskog stvaralaštva, i izvrstan primjer arhitekture.

Klaustar je upisan u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske kao nepokretno kulturno dobro, pod brojem Z-3818, u sklopu povijesne cjeline grada Dubrovnika i njegove neposredne okolice. Prema sačuvanim pisanim podacima više je puta obnavljan. Posljednja njegova temeljita obnova, nakon što je uvelike oštećen u domovinskom obrambenom ratu 1991., obavljena je od 2007. do 2013.