Nakon što su knjige samostana Male braće uništene u požaru, poslije potresa 1667., samostan je relativno brzo izgradio novu knjižnicu (1690.), čiji je izgled očuvan do danas. Prema Miji Brleku: „Prvi poznati katalog napisao je godine 1838. Alojzije Ćurčija: Katalog knjižnice samostana Male braće u Dubrov­niku, izrađen godine 1838. Katalog dijeli knjige po strukama: rječnici, gramatike, književnost, govorništvo, pjesništvo, geografija, medicina, poljodjelstvo, matematika, filozofi­ja, civilno i kanonsko pravo, djela franjevačkog reda, liturgija, moralka, teologija, povijest, ašetika, razno, sveti oci, propovjedništvo, panegirici, ilirske i narodne knjige. Na kraju umetnut je dvostruki popis zabranjenih knjiga.“ Taj katalog nalazi se danas u arhivu pod brojem 328.

Mnogo poznatiji katalog, kojeg je uredio Augustin Kaznačić otisnut je kao dodatak časopisu „Osservatore Dalmato“ 1860. (G. A. Casnacich, Katalog d. Franciskanerbibliothek). Iste godine u Zadru je tiskan taj katalog pod imenom: Biblioteca di fra Innocenzo Ciulich nella libreria de’ RR. PP. Francescani di Ragusa / [redatto da Gio: Augusto Casnacich]. Ovaj katalog može se naći na internetu. (Vidi ovdje pod linkom „Katalog Čulić“!)

Najnoviji katalog napravio je fra Mijo Brlek 1952. Rukopisi Knjižnice Male braće u Dubrovniku. On je stručno obradio 293 rukopisa. Na taj njegov broj fra Odoriko Badurina nadodao je druge važne rukopise iz Čulićeva kataloga i drugih, s tim da su tiskana djela koja su se nalazila u Čulićevu katalogu dobila svoje mjesto u knjižnici.

Rukopisi su skupljani na različite načine: darovnicama, kupovinom i prenošenjem iz drugih samostana, posebno iz samostana Dakse i Badije.

U staroj povijesnoj knjižnici sve do nedavno bili su smješteni i rukopisi, a čuvali su se „pod ključem“ u zatvorenom ormaru, zbog njihove iznimne vrijednosti.

Jedna od vrednijih knjiga napisanih rukom, iz franjevačke perspektive, jest iluminirani rukopis „Martyrologium Ramanum“ kojeg je slikar franjevac Gučetić, Bernardin Orsatov Gerić (de Gotiis, Gerich), umro u Dubrovniku 1569., ispisao i oslikao na Daksi 1541.na pergameni u gotičkoj minuskuli (AMB 189). Toj knjizi u uvez su pridodana tri lista ispisana beneventanom na pergameni čak iz XII. stoljeća.

Danas se rukopisi čuvaju u posebnom prostoru, rukopisnog arhiva, koji se nalazi ispod knjižnice, u kojem se nalazi preko 3050 katalogiziranih knjiga. Označavaju se oznakom AMB s brojem rukopisa.