C'est l'une des plus vieilles de toute l'Europe, et la plus ancienne en service car elle fonctionne toujours. L'année de sa fondation est la même que celle du couvent : 1317. Les données historiques la concernant, de sa fondation jusqu'au tremblement de terre de 1667, furent emportées par le feu en même temps que les archives et la bibliothèque. A l'origine elle servait de pharmacie pour les besoins des frères malades. En effet, la Règle des Franciscains impose : que les frères s'occupent des besoins des frères malades (châpitre VI). Elle servait également de source de revenu pour l'entretien du couvent et des frères. Pour des raisons humanitaires et caritatives principalement, la pharmacie est devenue publique.
Dans un premier temps, la pharmacie fut installée au rez-de-chaussée du couvent, entre la sacristie et la salle capitulaire. Ainsi était-elle accessible pour les citoyens. En 1681, elle fut déplacée dans le cloître supérieur à proximité de l'hôpital du monastère. En 1741 le pape Benoît XIV a interdit l'ouverture au public des pharmacies monastiques. Mais compte tenu de la tradition et de la grande réputation de cette pharmacie, le pape Pie VI autorisa sa réouverture en 1794.
Au début du 20e siècle, la pharmacie a été de nouveau démenagée dans les locaux du rez-de-chaussée, mais cette fois, près de l'entrée même du couvent où elle se trouve toujours. Ainsi que le rappelle une plaque commémorative dans le clôitre, les locaux ont été meublés et aménagés aux frais d'un mecène, amateur d'antiquités ragusaines : le chevalier Ignacije (Injo) Amerling. En 1947, les autorités de l'Etat nationalisèrent la pharmacie des moines. Elle sera prochaînement, de nouveau, confiée aux Franciscains. Elle possède un fonds précieux de livres de pharmacologie et de médecine ainsi qu' environ 2 000 recettes, dont une partie seulement est exposée dans le musée, avec une partie de la collection d'ustensiles pharmacologiques dont les plus anciens datent du 15e siècle. Compte tenu du grand intérêt porté par les visiteurs à l'ancienne pharmacie, des pièces authentiques de celle-ci sont exposées dans le musée du monastère. Il faut souligner la différence entre les pharmacies d'autrefois et celles d'aujourd'hui : aujourd'hui, en grande partie, elles vendent des médicaments industriels, alors qu' autrefois elles étaient de véritales petites "manufactures" qui produisaient des médicaments à partir des substances naturelles. C'est pourquoi l'ancienne pharmacie présente un grand intérêt historique.