È una delle piu antiche in Europa, certamente la piu antica per la continuità dell'attività essendo l'unica che lavora ancor oggi. L'anno della sua fondazione è considerato quello del convento stesso (1317). Dati storici che la riguardano, dalla fondazione al famigerato terremoto del 1667, sono in generale scomparsi nel fuoco, come pure l'archivio e la biblioteca. In origine essa era al servizio della comunità religiosa, per i fratelli malati. La Regola francescana comanda che si curi per i fratelli ammalati e per le loro necessità (cap. VI). La farmacia in seguito divenne pubblica principalmente per ragioni umanitario-caritative.
Una volta la farmacia si trovava al pianterreno del convento, tra la sacrestia e l'aula capitolare, perchè fosse piu˘ accessibile ai cittadini. Cosi˘ restò fino al 1681, quando fu portata al chiostro superiore, vicino all'infermeria del convento. Il Papa Benedetto XIV nel 1741 proibi˘ che le farmacie dei conventi fossero di diritto pubblico. Tuttavia, la tradizione e l'antichità dell'esercizio farmaceutico presso i Frati Minori di Dubrovnik erano talmente forti che il Papa Pio VI nel 1794 permise il suo ulteriore funzionamento.
All'inizio del Novecento la farmacia è di nuovo riportata al pianterreno del convento, ma questa volta molto vicino all'entrata in convento, dove si trova tuttora.I locali con i loro nobili furono ordinati, a spese sue, dal cav. Ignazio (Inje) Amerling, amante delle antichità di Dubrovnik e benefattore del convento francescano, come l'attesta lapide di ricordo nel chiostro del convento. L'autorità statale comunista ha nazionalizzato la farmacia nel 1947. È in corso il processo di denazionalizzazione, per restituirla al possesso dei religiosi. La farmacia possiede un fondo di libri molto preziosi di farmacologia e medicina, centinaia di ricette mediche, di cui soltanto piccola parte vien esposta in museo, accanto a strumenti farmaceuticomedici provenienti dal sec.XV in poi. L'antica farmacia, causa l'interesse dei visitatori, è riportata al suo primitivo posto in chiostro inferiore, nei locali dove fu istituita nel lontano 1317 e dove fa parte del museo inaugurato nel 1955. - Sarà utile rilevare la differenza tra le farmacie antiche e recenti: queste recenti in gran parte vendono medicine già confezionate in diverse fabbriche (industrie), mentre le farmacie antiche furono come create per produrre medicine da materie prime naturali. In ciò consiste il loro valore storico, parte del quale viene esposta nella nostra farmacia antica.

 

Il convento dei Frati Minori è noto per il suo chiostro (cortile interno) come pure per la sua farmacia. è l'opera di Mihoje (Michele) Brajkov di Bar (Antivari), come si legge sulla colonna d'angolo dalla parte sud-est del chiostro. L'iscrizione è della metà del Trecento.

Il chiostro ha la forma di un rombo. I quattro porticati tutt'intorno formano delle parti quadrangolari suddivise a loro volta in quattro parti.Le volte incrociate portano il terrazzo quadrilatero appoggiate su dodici colonne portanti e sessanta colonnine sottili, ognuna delle quali è ornata da figurine a forma di teste e pedate umane. Le superficie libere tra le colonne portanti e tra gli archi sono aperte da finestre rotonde (rosette), tre per ogni parte. In mezzo al chiostro si trovano due superficie con delle piante tra le quali c'è un passaggio ed una fontana quattrocentesca.

Alcuni pensano che, osservando la varietà dei motivi ornamentali, il chiostro dei Frati Minori sarebbe il monumento medioevale di Dubrovnik piu˘ interessante e l'opera piu˘ significativa da noi in stile di transizione romanico-gotico. Le iscrizioni funerarie nel chiostro attestano anche la sua funzione cimiteriale.

Piu sopra, il convento ha ancora un altro chiostro, detto “superiore”, costruito nel Cinquecento, con un romantico pozzetto.